Открыт в 1944 г. Музей расположился на первом этаже областной библиотеки им. Шолом-Алейхема. Тогда экспозиции отображали рост, развитие и достижения за 17 лет существования Биробиджана, историю Еврейской автономной области как составной части советского Дальнего Востока, экономику, культуру и природу региона. При музее организовали кабинет еврейской культуры, который демонстрировал историю еврейского народа, его быт, творчество в области литературы и искусства. Работала научная библиотека с архивом по иудаике.
В 80-е гг. ХХ в. залах музея проходили уроки мира, пионерские сборы.
В настоящее время музей предлагает посетителям новые концепции, новые взгляды на историю Еврейской автономной области. Экспозиционные залы отражают природные богатства области, историю освоения Приамурья и образование ЕАО, события Гражданской и Великой Отечественной войн, современное развитие области. Музей проводит большую научно-исследовательскую, собирательскую, просветительскую работу. В 2002-2003 гг. проведена полная реэкспозиция залов музея.
