Херсонесский музей-заповедник сегодня – это крупное научно-исследовательское и музейное учреждение, владеющее 418 га археологической территории. Его музейная коллекция насчитывает более 250 тысяч экспонатов, а архивное хранение составляет около 205 тысяч документов; научная библиотека содержит более 40 тысяч книг, в том числе и уникальных.
В сентябре 2013 года Херсонес вошел в списки Всемирного наследия ЮНЕСКО «Древний город Херсонес Таврический и его хора. Vв. до н.э. – XIV в. н.э. ».
7 декабря 2015 года Президент РФ Владимир Путин подписал указ «Об отнесении федерального государственного бюджетного учреждения культуры «Государственный историко-археологический музей-заповедник «Херсонес Таврический» к особо ценным объектам культурного наследия народов Российской Федерации».